赛菲罗斯的事件已经过去2年了，人类从巨大陨石的灾难之下逃脱。曾经繁荣的都市虽然满目疮痍，但人们已经开始投入重建家园的工作之中。而拯救世界的英雄克劳德，却过着与世隔绝的生活。　　但是，神秘的疾病“星痕症候群”在世界蔓延。蒂法?洛克哈特决定找寻克劳德。但当她找到克劳德之时，眼前这个人，只是一个为艾利斯之死郁郁寡欢的落魄男子。　　以继承赛菲罗斯的遗志而组成的白发三人组出现在人们眼前，文森特不得不再次...

在银河系的另一端，原本宁静祥和的匹里卡星突发变故。邪恶的吉尔莫亚将军（香川照之 配音）发动政变，建立军事独裁政府。年仅10岁的总统帕比（朴璐美 配音）无力抵抗，只得乘上飞船被迫流亡。几经辗转，帕比来到了地球，他惊讶地发现，这里人类的身形竟然与他有着巨大的悬殊。没过多久，大雄（大原惠美 配音）和哆啦A梦（水田山葵 配音）他们便和帕比成为好朋友，并且为这个小小的总统建造了临时住所。然而好久不长，吉尔莫...

近日里，大雄（大原惠 配音）迷上了一部名为《银河防卫队》的电视剧，剧中英雄们对抗邪恶势力的英勇形象在大雄的脑海里留下了深深的印记，希望自己有朝一日也能够如同这些英雄般惩恶扬善。　　某日，大雄来到小夫（关智一 配音）家，发现他竟然弄来了剧中英雄的戏服，还找来了摄影机，打算同胖虎（木村昂 配音）、静香（嘉数由美 配音）一起拍摄属于他们自己的英雄电视剧，然而，让他们没有想到的是，他们玩得不亦乐乎的景象...

为了准备学校音乐会的演出，大雄埋头苦练他并不擅长的竖笛。这时，他的面前出现了一位神秘的外星少女米佳，她格外中意大雄吹出来的跑调的笛声，于是米佳引领哆啦A梦和伙伴们来到了以音乐为能量的外星球上的一座音乐殿堂。就在这时，一种能够令音乐从世界上消失的神秘生命体突然降临，地球陷入危机……！哆啦A梦和伙伴们究竟能否拯救音乐的未来和地球危机呢？...

新闻中一幅价值数十亿日元的名画引发轰动，而画作残片竟意外坠入到大雄手中！哆啦A梦一行人进入画中的世界并邂逅了神秘少女可蕾雅。在她的请求下，众人前往新闻中的中世纪欧洲“雅托利亚公国”。传说中这里存在一种蕴含神秘力量的宝石“雅托利亚蓝”，为了揭开宝石之谜，哆啦A梦一行人展开了冒险，流传中“世界毁灭”的传说开始复苏，他们陷入了巨大的危机.........